او در تیر ماه سال 66 به فرماندهی «سپاه ششم امام صادق» منصوب شد که چند تیپ و لشکر، بسیج و سپاه خوزستان، لرستان و پدافند منطقه هور از «کوشک» تا «چزابه» را در اختیار داشت. روز چهارم تیر ماه سال 1367، متجاوزان بعثی، حمله‌ای گسترده و همه‌جانبه را برای بازپس‌گیری منطقه هور آغاز کردند. حاج علی در آن زمان، در قرارگاه خاتم4، در ضلع شمال شرقی جزیره مجنون شمالی مستقر شده بود. هیچ کس به درستی نمی‌داند که در این روز دردناک، چه بر سر سرداران «قرارگاه نصرت» آمد. شاهدان می‌گفتند که هلی‌کوپترهای عراقی در فاصله کمی از قرارگاه خاتم4 به زمین نشسته‌اند و حاج علی و همراهانش سراسیمه از قرارگاه خارج شده و در نیزارها پناه گرفتند. پس از آن، جستجوی دامنه‌داری برای یافتن حاج علی هاشمی آغاز شد اما به نتیجه ای نرسید. از طرف دیگر، بیم آن می‌رفت که افشای ناپدید شدن یک سردار عالی رتبه سپاه، جان او را که احتمالا به اسارت درآمده بود به خطر بیاندازد، به همین سبب تا سال‌ها پس از پایان جنگ، نام حاج علی هاشمی کمتر برده می‌شد و از سرنوشت احتمالی او با احتیاط فراوانی سخن به میان می‌آمد. سرانجام در روز 19 اردیبهشت سال 1389، اخبار سراسری سیما خبر کشف پیکر حاج علی هاشمی را اعلام کرد و مادر صبور او پس از 22 سال انتظار، بقایای پیکر فرزند خود را در آغوش کشید.

روایت برخی خاطرات پیرامون این سرلشگر شهید که فرمانده سپاه ششم امام صادق(ع) بود در «رازهای نهفته» به قلم «مهرنوش گرجی» نوشته شده است. در ادامه یکی از این خاطرات از زبان «سردار علی اصغر گرجی» همرزم شهید علی هاشمی در دوران دفاع مقدس می‌آید:

علی هاشمی فرمانده یکی از حساس‌ترین بخش‌های جنگ و یک قرارگاه سری بود که بعدها با توجه به اخلاق و درایتی که که داشت به عنوان فرمانده سپاه ششم امام جعفر صادق نیروی زمینی سپاه منصوب شد. کار در هور نیروهای شناسایی عملیاتی ویژه‌ای را طلب می‌کرد که یکی از خصوصیات لازم برای این نیروها آن بود که از اهالی منطقه هور و با هور بزرگ شده باشند و دیگر اینکه هیچ از اقوام و وابستگان آن‌ها نداند که آن‌ها چه کاری انجام می‌دهند و کجا هستند همراه کردن عده‌ای با این خصوصیات کار بسیار سختی بود که با مدیریت علی هاشمی انجام شد و او توانست آن را ممکن کند.

یکی از بهترین ویژگی‌های علی هاشمی این بود که علی‌رغم اینکه فرمانده بود کار را واگذار می‌کرد اختیاراتش را تقسیم می‌کرد من که با ایشان کار می‌کردم در کارهایی که به من مربوط است اختیارات کامل دارم و لازم نیست با ایشان مشورت کنم و یا اجازه بگیرم نکته دوم در مدیریت؛ پشتکار و جدیت وی بود همیشه یک برگ یادداشت خیلی کوچک توی جیبش بود و توی آن برگ کوچک بیست تا پیگیری نوشته بود و همواره به قول خودش مرور می‌کرد و می‌گفت این شماره مثلا سه چه شد؟

در واقع با این کار به ما نشان می‌داد هیچ گاه روند جاری کارهایش را از پیگیری نباید جدا بکند شبانه روز در فکر کارهایی بود که باید انجام بشود حافظه بسیار خوبی داشت برای اینکه به ما بفهماند که کار، ساعت خاصی ندارد گاهی مثلا دوازده و نیم شب تماس می‌گرفت؛ من خواب بودم اما مرا بیدار می‌کرد و می‌گفت که مثلا فلان ماشین مخصوص نهرکنی که قرار بود از سازمان آب و برق خوزستان بیاید آمد یا نه؟ اینگونه حس می‌کردیم این سوال‌ها عمدی است برای اینکه ما را وادار کند همیشه در دستور کارهای روزانه مان باشد و کاری را از قلم نیندازیم.

علی هاشمی دارای نکات اخلاقی ویژه‌ای بود اگر یک فرد عادی که قبلا او را ندیده بود با او روبه‌رو می‌شد فکر می‌کرد یک برادر بسیجی عادی است با یک مسئولیت بسیار محدود و ساده حتی زمانی که فرمانده سپاه ششم شد و چند تا یگان مهم و کل سپاه خوزستان و لرستان تحت امر او قرار گرفت رفتارش خیلی ساده بود خوب به خاطر دارم روز معارفه مرا به کناری کشید و گفت: «من اهل این نیستم که توی این ساختمان‌های اداری بنشینم و کار اداری انجام بدهم نامه ببینم همه این‌ها را به تو می‌سپارم هرکاری می‌خواهی انجام بده من حاضر نیستم از جبهه کنار بکشم».

من گفتم نمی‌شود بالاخره شما فرمانده هستی و باید زمانی را هم برای کارهای دورن شهر وقت بگذارید لازم است گفت: من وقت نمی‌گذارم من عاشق حبهه هستم و جایی که بوی جبهه بیشتر بدهد حتی اگر خط دوم یا سوم باشد، می‌مانم. او عاشق منطقه هور بود زمانی که جزیره در حال سقوط بود مثل کسی که فرزندانش را از دست بدهد بسیار نگران و افسرده بود افسردگی ناشی از حالت یأس نبود حس می‌کرد یک دستاوردی که خیلی برایش زحمت کشیده از دست می‌دهد.

در آخرین ساعات با تک تک فرماندهان تماس داشت و اصرار می‌کرد آن نقاطی که حساس‌ترند باید سریع‌تر تخلیه شوند عجله کنند که نیرویی به دام اسارت نیفتد مجروحین سریع به عقب منتقل شوند اما زمانی که از او خواستند قرارگاه فرماندهی را ترک کند و قرار بود از آن منقطه بیاید در بیمارستان امام رضا مستقر شود ایشان قبول نکرد گفت: تا مطمئن نشوم همه نیروها به سلامت منطقه را ترک کرده‌اند و نیرویی در محاصره نیفتاده منطقه را ترک نمی‌کنم. او هرگز حاضر نشد قرارگاهش را از منطقه‌ای که خط مقدم بود منتقل کند و می‌گفت: «یک فرمانده باید وسط منطقه باشد».